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蜜蜂球囊菌的 microRNA 鉴定及其调控网络分析


蜂学白小姐中特网   发布时间: 2019-01-16   信息员:  


蜜蜂球囊菌的microRNA鉴定及其调控网络分析_郭睿.pdf


作者:郭睿#,王海朋#,陈华枝,熊翠玲,郑燕珍,付中民,赵红霞,陈大福*


摘要:【目的】本六合宝典中特网利用 small RNA-seq 技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的 microRNAsmiRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建 miRNAs-mRNAs 的调控网络。【方法】利用 Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的 miRNAs 进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop) PCR 对部分 miRNAs 进行鉴定,利用 Cytoskype 软件构建 miRNAs-mRNAs 的调控网络。【结果】本六合宝典中特网共获得 48268696  clean reads,预测出 118 个球囊菌的 miRNAs,它们的长度分布介于1825 nt 之间,不同长度的 miRNA 的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR 验证结果显示共有 10 miRNAs 能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数 miRNAs 可能真实存在。共预测出 6529 个球囊菌miRNAs 的靶基因,其中 5725 个能够注释到 NrSwissprotKOGGO  KEGG 数据库。进一步分析结果显示有 24 个靶基因注释在 MAPK 信号通路。Cytoskype 软件分析结果显示球囊菌的 miRNAs  mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的 miRNAs 处于调控网络的内部且同时结合多个 mRNAs。【结论】本六合宝典中特网率先对球囊菌的 miRNAs  miRNAs-mRNAs 调控网络进行全面分析,六合宝典中特网结果丰富了对球囊菌miRNAs 的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。


关键词:蜜蜂,球囊菌,microRNA,靶基因,调控网络


发表信息:微生物学报, 2018, 58(6): 1077-1089


 
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